Những điểm doanh nghiệp cần lưu ý khi Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có hiệu lực

Theo dõi KT&TD trên

Tiếp nối đó, Nghị định 320/2025/NĐ-CP ban hành ngày 15/12/2025 và Thông tư 20/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 12/3/2026 lần lượt hướng dẫn chi tiết những quy định mới này. Trong bối cảnh hệ thống pháp lý thay đổi, việc nắm vững các điểm mấu chốt không còn là lợi thế mà đã trở thành điều kiện sống còn để doanh nghiệp vận hành đúng luật và tối ưu nghĩa vụ tài chính.

Một trong những thay đổi có tác động lớn nhất của Luật Thuế TNDN 2025 là việc phân hóa thuế suất theo quy mô doanh thu thay vì áp mức chung như trước. Theo Điều 10 của Luật, doanh nghiệp có doanh thu năm trước dưới 3 tỷ đồng được áp dụng thuế suất ưu đãi 15%, trong khi doanh nghiệp có doanh thu từ 3 đến 50 tỷ đồng chịu mức 17%. Mức thuế suất phổ thông 20% vẫn được duy trì cho các doanh nghiệp lớn hơn. Với các ngành đặc thù như thăm dò, khai thác dầu khí, mức thuế dao động từ 25% đến 50% tùy thuộc vào điều kiện hợp đồng và trữ lượng mỏ; riêng hoạt động khai thác tài nguyên quý hiếm như vàng, đất hiếm, đá quý chịu mức 50%, hoặc 40% nếu mỏ có từ 70% diện tích trở lên nằm ở địa bàn đặc biệt khó khăn.

Điều doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là thuế suất ưu đãi 15% và 17% được xác định dựa trên doanh thu của năm tài chính liền kề trước đó, không phải doanh thu dự kiến của năm hiện tại. Điều này đặt ra yêu cầu doanh nghiệp phải rà soát kỹ số liệu tài chính đã kết thúc trước khi xác định mức nộp tạm thuế trong năm. Nếu cuối kỳ phát sinh chênh lệch do áp dụng sai thuế suất, doanh nghiệp sẽ phải nộp bổ sung cùng tiền chậm nộp, một rủi ro hoàn toàn có thể phòng tránh nếu chủ động từ đầu năm.

Nghị quyết 198/2025/QH15, văn bản quy định cơ chế và chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân mang đến làn sóng ưu đãi thuế chưa từng có tiền lệ, đặc biệt nhắm vào hai nhóm đối tượng: doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập, và doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo. Cụ thể, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn toàn bộ thuế TNDN trong 3 năm liên tiếp kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, tính liên tục từ năm đầu tiên bất kể có phát sinh thu nhập hay không.

Với doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp và tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, ưu đãi hơn: miễn 100% thuế TNDN trong 2 năm đầu kể từ khi phát sinh thu nhập chịu thuế, sau đó giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo. Tổng cộng, đây là 6 năm được bảo vệ đáng kể về nghĩa vụ thuế, một khoảng thời gian đủ dài để doanh nghiệp ổn định mô hình kinh doanh, tập trung đầu tư cho nghiên cứu và phát triển trước khi bước vào giai đoạn tăng trưởng toàn lực.

Song song đó, Luật Thuế TNDN 2025 mở rộng danh mục thu nhập được miễn thuế theo hướng thúc đẩy phát triển bền vững. Đáng chú ý nhất là quy định miễn thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng lần đầu chứng chỉ giảm phát thải hay còn gọi là tín chỉ carbon. Đây là tín hiệu chính sách quan trọng, phù hợp với cam kết Net Zero của Việt Nam và mở ra hướng kinh doanh mới cho doanh nghiệp trong lĩnh vực môi trường và năng lượng tái tạo. Ngoài ra, Nghị định 320/2025/NĐ-CP còn giới thiệu khung ưu đãi cho các hoạt động "xanh" và mức khấu trừ bổ sung cho chi phí nghiên cứu và phát triển (R&D), phản ánh định hướng dùng thuế như một công cụ điều tiết chiến lược phát triển kinh tế.

Thông tư 20/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 12/3/2026 và áp dụng hồi tố cho kỳ tính thuế năm 2025, là văn bản hướng dẫn kỹ thuật then chốt mà bộ phận kế toán và tài chính của mỗi doanh nghiệp cần đọc kỹ. Thông tư này làm rõ cách xác định thu nhập chịu thuế, đặc biệt bổ sung quy định về thời điểm ghi nhận doanh thu trong một số tình huống cụ thể như xuất khẩu hàng hóa, doanh thu được tính từ ngày chuyển giao quyền sở hữu theo hợp đồng, không phải ngày giao hàng hay ngày nhận tiền.

Một trong những điểm mới đáng chú ý là việc Thông tư mở rộng phạm vi đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam ra các doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh thương mại điện tử và nền tảng số, dù có hay không có cơ sở thường trú tại Việt Nam. Quy định này phản ánh xu hướng toàn cầu trong việc đánh thuế kinh tế số và đặt ra thách thức mới cho cả cơ quan quản lý lẫn doanh nghiệp nước ngoài đang cung cấp dịch vụ số vào thị trường Việt Nam. Đồng thời, Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể trường hợp không áp dụng thuế đối với giao dịch tái cơ cấu sở hữu trong nội bộ tập đoàn khi không làm thay đổi công ty mẹ tối cao và không phát sinh thu nhập thực tế.

Về phía chi phí được trừ, Luật Thuế TNDN 2025 và Nghị định 320 tiếp tục duy trì nguyên tắc cốt lõi: chi phí phải gắn với hoạt động sản xuất kinh doanh, phát sinh thực tế và hợp lý, đồng thời phải có đầy đủ hóa đơn chứng từ hợp pháp. Điểm quan trọng là từ ngày 15/12/2025, theo Nghị định 181 hướng dẫn Luật Thuế Giá trị gia tăng, hàng hóa và dịch vụ có giá trị trên 5 triệu đồng bắt buộc phải thanh toán qua phương thức không dùng tiền mặt mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Quy định này tuy thuộc phạm vi thuế GTGT nhưng tác động trực tiếp đến cách doanh nghiệp quản lý chứng từ và hồ sơ chi phí khi quyết toán thuế TNDN.

Bên cạnh đó, quyết toán thuế TNDN hàng năm là nghĩa vụ bắt buộc với mọi doanh nghiệp. Theo quy định hiện hành, hồ sơ quyết toán thuế năm phải được nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính. Toàn bộ quy trình kê khai và nộp thuế được thực hiện qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc ứng dụng eTax Mobile, một bước chuyển đổi số toàn diện giúp giảm thủ tục giấy tờ nhưng cũng đòi hỏi doanh nghiệp phải cập nhật năng lực quản trị dữ liệu tài chính nội bộ.

Một tin vui cho cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và vừa: theo Nghị quyết 198/2025/QH15, lệ phí môn bài, khoản phí cố định hàng năm từng là gánh nặng hành chính không nhỏ đã chính thức bị bãi bỏ từ ngày 1/1/2026. Song song đó, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh cũng không còn áp dụng phương pháp khoán thuế từ đầu năm 2026, thay vào đó phải thực hiện kê khai và nộp thuế theo pháp luật quản lý thuế như doanh nghiệp thông thường.

Trước tốc độ thay đổi pháp lý nhanh chóng, thái độ chủ động là yếu tố quyết định để doanh nghiệp không rơi vào thế bị động khi thanh tra hoặc quyết toán. Trước hết, mỗi doanh nghiệp cần rà soát lại doanh thu năm 2025 để xác định chính xác mình thuộc mức thuế suất nào trong năm 2026, bởi việc tạm nộp thuế theo mức sai sẽ kéo theo tiền chậm nộp không đáng có. Nếu là doanh nghiệp mới thành lập hoặc hoạt động trong lĩnh vực khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, cần kiểm tra kỹ điều kiện để xác nhận mình có đủ tiêu chuẩn hưởng ưu đãi miễn giảm thuế hay không, bởi đây là quyền lợi hợp pháp nhưng phải được chứng minh bằng hồ sơ đầy đủ.

Bên cạnh đó, việc điều chỉnh quy trình thanh toán nội bộ theo quy định không dùng tiền mặt cho các giao dịch trên 5 triệu đồng là việc không thể trì hoãn nếu doanh nghiệp muốn bảo toàn quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Đồng thời, bộ phận kế toán cần cập nhật phần mềm và quy trình lập báo cáo tài chính theo Thông tư 99/2025/TT-BTC trước khi chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2025. Trong trường hợp phát sinh vướng mắc về cách áp dụng các quy định mới, Tổng cục Thuế và cơ quan thuế quản lý trực tiếp đều khuyến khích doanh nghiệp chủ động liên hệ để được hướng dẫn kịp thời, tránh sai sót dẫn đến xử phạt hành chính.

Hệ thống thuế thu nhập doanh nghiệp Việt Nam đang bước vào giai đoạn chuyển đổi toàn diện, với ba tầng văn bản — Luật, Nghị định và Thông tư — cùng vận hành song song và bổ sung cho nhau. Đây không đơn thuần là câu chuyện tuân thủ hành chính, mà là cơ hội để doanh nghiệp — nếu nắm vững luật chơi mới — có thể tối ưu cấu trúc tài chính, giảm gánh nặng thuế một cách hợp pháp và củng cố nền tảng để tăng trưởng bền vững trong những năm tới.

Hoàng Nguyễn