Vì sao Công ty Xây dựng Bảo Yến bị truy thu, xử phạt số tiền gần 2 tỷ đồng?
Mới đây, Cục thuế Hà Nội (nay là Chi cục Thuế khu vực 1) ban hành Kết luận thanh tra, đồng thời tiến hành truy thu, xử phạt Công ty TNHH du lịch, dịch vụ xây dựng Bảo Yến (Công ty Xây dựng Bảo Yến) với tổng số tiền gần 2 tỷ đồng.

Trước đó, ngành thuế Hà Nội đã tiến hành thanh tra việc chấp hành pháp luật về thuế của Công ty Xây dựng Bảo Yến, thời gian từ ngày 2 – 13/1/2025.
Kết quả thanh tra cho thấy, Công ty Xây dựng Bảo Yến đã mở số sách kế toán để theo dõi, hạch toán kết quả kinh doanh theo định.
Về việc chấp hành pháp luật thuế, doanh nghiệp này đã chấp hành đầy đủ các quy định về việc kê khai, nộp thuế. Tuy nhiên, Đoàn thanh tra phát hiện nhiều tồn tại các nội dung sau đây:
Thứ nhất, về thuế Giá trị gia tăng (VAT), công ty này kê khai thiếu doanh thu thuế suất 10%, kê khai khấu trừ thuế VAT đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ (HHDV) của doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Do đó, Công ty Xây dựng Bảo Yến vi phạm về xác định đối tượng chịu thuế suất 10% theo quy định.
Thứ hai, về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Công ty này hạch toán chi phí đối với các hóa đơn mua HHDV của đơn vị đã có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (hóa đơn phát sinh trước thời điểm cơ quan thuế ra thông báo); Hạch toán chi phí không đầy đủ hồ sơ và không phục vụ sản xuất kinh doanh; Hạch toán chi phí lãi vay giao dịch liên kết vượt mức khống chế...
Như vậy, Công ty Xây dựng Bảo Yến vi phạm về xác định chi phí lãi vay đối với hoạt động giao dịch liên kết quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP ngày 05/11/2020 của Chính Phủ; Xác định các khoản chi không được trừ quy định tại Điều 6, Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính; Sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính.
Thứ ba, về việc sử dụng hóa đơn, tại thời điểm thanh tra, tra cứu hóa đơn của các đơn vị đã có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo dữ liệu quản lý thuế của cơ quan thuế, Cục Thuế TP Hà Nội xác định, Công ty Xây dụng Bảo Yến đã hạch toán vào chi phí đối với 324 số hóa đơn mua HHDV của 14 doanh nghiệp/tổ chức đã có thông báo về việc không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (trước thời điểm cơ quan thuế ra thông báo). Tổng giá trị tiền hàng trước thuế là 2,379 tỷ đồng; thuế VAT: 135 triệu đồng. Cục Thuế TP Hà Nội tiến hành điều chỉnh giảm chi phí hạch toán trong kỳ: 2,379 tỷ đồng; thuế VAT: 135 triệu đồng theo đề nghị của doanh nghiệp.
Với những tồn tại này, Công ty Xây dựng Bảo Yến bị yêu cầu nộp ngay số tiền thuế truy thu, tiền phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp kể từ ngày nhận được Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, tổng số tiền: 1,578 tỷ đồng. Đồng thời, áp dụng hình thức xử phạt hành chính với số tiền: 286 triệu đồng.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp này bị truy thu thuế TNDN tăng thêm qua thanh tra, số tiền: 1,118 tỷ đồng. Trong đó, năm 2022: 569 triệu đồng; Năm 2023: 549 triệu đồng.
Theo tìm hiểu, Công ty Xây dựng Bảo Yến có địa chỉ tại khu Cầu Lớn, xã Nam Hồng, huyện Đông Anh, TP Hà Nội. Doanh nghiệp này thành lập năm 2002, đến nay có khoảng hơn 1.400 lao động. Người đại diện là ông Nguyễn Anh Tuấn, Chức vụ: Giám đốc kiêm Chủ tịch HĐQT. Công ty Xây dựng Bảo Yến có lĩnh vực hoạt động chính là kinh doanh vận tải, lữ hành cho tới xây dựng công trình, buôn bán vật liệu, thiết bị lắp đặt trong xây dựng.
Công ty Xây dựng Bảo Yến còn được ghi nhận là doanh nghiệp mạnh trên Hệ thống đấu thầu mạng quốc gia. Doanh nghiệp này từng tham gia và trúng toàn diện 20/20 gói thầu, chủ yếu tại TP Hà Nội. Trong đó, có 18 gói thầu do Trung tâm Quản lý giao thông công cộng TP Hà Nội mời thầu; 2 gói còn lại do Trung tâm tư vấn khoa học và công nghệ cầu đường cảng mời thầu. Tổng giá trị 20 gói thầu đã trúng lên tới 3.200 tỷ đồng.