Mặc dù tỉnh Phú Yên đạt được một số kết quả nhất định trong công tác quản lý đầu tư xây dựng, tuy nhiên tại Kết luận Thanh tra vừa ban hành, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra một số tồn tại, sai phạm trong công tác quản lý vốn đầu tư công tại tỉnh này trong giai đoạn 2016-2020.